Pinho Leal, no Portugal Antigo e Moderno, Vol. II páginas 358-359, diz que este nome de Coja vem do árabe, e significa «cidade do pretor». Santa Rosa de Vierbo, no seu Elucidário, voc. Pretor, diz que o pretor era alcaide-mor e senhor absoluto das terras que lhe eram cometidas. E cita Velascus Palais, Preator Colimbriae (1183) e D. Stephanus, Alcaide de Castelo Branco (no Foral de Castelo Branco, dado pelos Templários).Num documento dirigido ao concelho de Lisboa, em Agosto de 1204, aparece o pretor de Lisboa. Vê-se, assim, que nesta época ainda existia o cargo de pretor, porventura como sobrevivência de um semelhante cargo entre os romanos com a designação de praetor, ou entre os árabes com a designação de copje. Efectivamente, se Coja era conhecida por vila ou localidade de pretor, é porque era uma espécie de capital de província. Se de facto os romanos tiveram em Coja um pretor, o cargo terá sido mantido pelos árabes, donde, na tradução árabe, terá vindo o topónimo Coja.

Na Enciclopédia Luso-Brasileira

...É povoação muito antiga. Existe um documento de Lorvão, datado de 1121, pelo qual Suaria (Soeiro) e sua mulher, Eva, fazem doação ao mosteiro de Lorvão da sua vinha em Telhado, junto a Coja, «cum sua Ecclesia, quae jacet in medio de illa vinea, et cum suo pomare, et cum suo lagare». (...) Existe na freguesia um grandioso e antigo paço, que foi residência dos bispos de Coimbra, donatários da vila, e que aos seus títulos juntavam os de senhores de Coja. É de crer que este senhorio tivesse algumas restrições visto que a vila teve foral novo de D. Manuel. Em Coja nasceu D. José Alves Matoso, que foi bispo da Guarda.